AQUACULTUR BIOINFORMATIC

Genomic resources for a commercial flatfish, the Senegalese sole

(Solea senegalensis): EST sequencing, oligo microarray design, and

development of the Soleamold bioinformatic platform

atau dalam terjemahan jurnal berjudul

Genomik sumber daya untuk flatfish komersial, satu-satunya Senegal
(Solea senegalensis): EST sequencing, oligo desain microarray, dan
pengembangan platform bioinformatic Soleamold

RINGKASAN

Eropa Selatan, flatfish merupakan Satu-satunya Senegal, Solea senegalensis yang sangat berharga dan komersial dibidang Budidaya.Namun, meskipun industri produksi Senegal tunggal terhambat terutama oleh kurangnya informasi tentang fisiologis mekanisme yang terlibat dalam reproduksi, pertumbuhan dan kekebalan, informasi genom yang sangat terbatas tersedia pada spesies ini. Penggunaan teknologi genomik pada ikan juga penting untuk meningkatkan penelitian dibidang Budidaya serta untuk masal suatu spesies, yang mungkin nantinya memiliki dampak besar bagi kesejahteraan manusia yang mana ikan merupakan sumber makanan utama bagi manusia. Salmon merupakan salah satu ikan komersial yang  penting dan juga sebagai model yang unik untuk studi evolusi baru-baru ini.

Flatfish adalah anggota Pleuronectifomer yang merupakan kelompok teleosts yang relatif besar dengan selitar 570 spesies yang masih ada. Ikan ini mengalami perkembangan yang sangat unik, proses ini dinamakan metamorfosis yang mana selama berimigrasi satu mata berada di bagian atas tengkorak untuk berbaring berdekatan ke mata lainnya yang berada di sisi lain yang berlawanan, sementara tubuh rata terletak di sisi tanpa mata. Ini merupakan perkembangan yang unik dimana melibatkan drastis morfologi dan fisiologi, meskipun regulasi molekulnya masih sulit dipahami. Flatfish sudah lama menjadi pilihan makanan, dengan banyak anggota kelompok ( contoh: halibut, menggelepar, tunggal, turbot, plaice) yang penting bagi perikanan komersal. Penelitian yang dilakukan dalam memproduksi flatfish dibidang Budidaya ini telah berlangsung selama lima belas tahun sampai dua puluh tahun terakhir ini.

Soleamold platfrom mengintegrasikan data eksperimental dari milroarry DNA dan dan SIH berdasarkan ontologi.

Setelah terintegrasi, data dapat dengan mudah diakses dan diambil. Pengguna juga dapat menentukan kualitas memperkenalkan data dan komparabilitas hasil. ketika berurusan dengan microarray data, sampel referensi yang sama harus digunakan untuk semua percobaan hibridisasi, memastikan masa lintas keterbandingan data. Informasi dalam soleamold diambil dengan tetap menjaga visual yang konstan kontak dengan ontologi dan atlas, menunjukan signifikan biologis dari data ekspresi gen.

Kesimpulan:

Sumber daya genomik baru telah dikembangkan untuk S. senegalensis, dimana yang merupakan sebuah ekonomi penting dalam budidaya ikan, yang meliputi koleksi gen diekspresikan, oligonukleotida yang microarray, dan platform bioinformatic publik yang tersedia yang dapat digunakan untuk mempelajari gen ekspresi dalam spesies ini. Sumber daya ini akan membantu menjelaskan regulasi transkripsi di liar dan captive Senegal satunya untuk optimasi produksi di bawah kondisi kultur intensif.

Selengkapnya jurnal dapat dilihat di sini http://www.springerlink.com/content/374826336670h735/