Pages

Sabtu, 19 November 2011

BIOINFORMATIKA DI DUNIA BUDIDAYA


Sekarang ini, di jaman yang makin maju ini,dan kemampuan untuk menghasilkan sesuatu karya dapat di kresikan secara luas, serta banyaknya informasi yang sekarang ini lebih mudah dalam pencariannya.Dengan  adanya teknologi hubungan komunikasi menjadi lebih muda serta pencarian informasi juga semakin mudah.
BIONFORMATIKA
Apa yang kalian ketahui mengenai bioinformatika???
Apa itu Bio??? Apa itu bioinformatika???

Sekarang mari cari tahu........^^

Bio atau biologi adalah ilmu yang mempelajari aspek fisik kehidupan,dimana dalam bahasa yunani bios artinya hidup. Obyek kajian biologi pada masa kini sangat luas dan mencakup semua makhluk hidup dalam berbagai aspek kehidupannya. Saat ini bahkan berkembang aspek biologi yang mengkaji kemungkinan berevolusinya makhluk hidup pada masa yang akan datang, juga kemungkinan adanya makhluk hidup di planet-planet selain bumi, yaitu astrobiologi. Sementara itu, perkembangan teknologi memungkinkan pengkajian pada tingkat molekul penyusun organisme melalui biologi molekular serta biokimia, yang banyak didukung oleh perkembangan teknik komputasi melalui bidang bioinformatika.

Nah ternyata biologi mempunyai kaitan dengan bioinformatika, sekarna kita cari tahu apa sih Bioinformatika itu??????
Bioinformatika (bahasa inggris: bioinformatics) adalah ilmu yang mempelajari penerapan teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisis informasi biologis. Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologis, terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan asam amino serta informasi yang berkaitan dengannya. Contoh topik utama bidang ini meliputi basis data untuk mengelola informasi biologis, penyejajaran sekuens (sequence alignment), prediksi struktur untuk meramalkan bentuk struktur protein maupun struktur sekunder RNA, analisis filogenetik, dan analisis ekspresi gen.
Bioinformatika merupakan ilmu terapan yang lahir dari perkembangan teknologi informasi dibidang molekular. Pembahasan dibidang bioinformatik ini tidak terlepas dari perkembangan biologi molekular modern, salah satunya peningkatan pemahaman manusia dalam bidang genomic yang terdapat dalam molekul DNA. Perkembangan teknologi DNA rekombinan memainkan peranan penting dalam lahirnya bioinformatika. Teknologi DNA rekombinan memunculkan suatu pengetahuan baru dalam rekayasa genetika organisme yang dikenala bioteknologi. Perkembangan bioteknologi dari bioteknologi tradisional ke bioteknologi modren salah satunya ditandainya dengan kemampuan manusia dalam melakukan analisis DNA organisme, sekuensing DNA dan manipulasi DNA.
^_^ Sekarang apa hubungan Bioinformatika dengan kegiatan budidaya??
Adakah yang tau.........???
Dengan perkembangan teknologi di setiap bidang (termasuk akuakultur), peluang penelitian dengan menggunakan teknik-teknik terbaru pun muncul dan hal ini membangkitkan pula industri  bioteknologi dewasa ini.
Beberapa “platform” bioteknologi yang telah diaplikasikan pada bidang akuakultur akan dijelaskan dibawah ini.
A. Teknologi ekspresi protein
Produksi protein rekombinan sedang hangat dalam bidang bioteknologi. Ada berbagai metoda yang dapat dipilih sebagai sistem ekspresi antara lain pendekatan bakterial, yeast (ragi),  sel insekta maupun transgenik. Banyak produk sebagai contoh hormon, gonadotropin dan enzym telah digunakan dalam akuakultur.
B. Mikrosatelit, RFLP, Analisis QTL
Teknologi “sidik jari” DNA dan pemetaan DNA semakin mempermudah perkembangan ilmu dalam akuakultur.  Teknologi tersebut digunakan untuk identifikasi stok, seleksi dalam kegiatan breeding, dan mengidentifikasi gen yang penting dalam akuakultur seperti pertumbuhan dan resistensi terhadap penyakit.
C. Vaksin DNA
Kegiatan ini melibatkan pengunaan DNA untuk mengekspresikan antigen dalam inang sebagai bagian dari proses vaksinasi. Teknologi ini telah diterapkan dalam skala penelitian pada rainbow trout dan hasilnya sangat bagus. Ketika di uji tantang dengan virus IHNV, hampir 100% ikan dengan  perlakuan teknologi ini selamat dan perlakuan kontrol 85-90% mengalami kematian.
D. Chip DNA
Teknologi baru ini mampu menganalisa ekspresi ribuan gen dalam satu microchip.  Teknologi ini berkembang pesat dan telah diaplikasikan untuk ekspresi gen, pemetaan, penemuan gen, diagnosa genetik. Dalam akuakultur sudah ada beberapa grup riset yang menggunakan teknologi ini untuk meneliti ekspresi gen pada ikan.
E. Proteomics
Proteomics adalah bidang baru dalam biology  modern. Proteomic adalah ilmu yang mempelajari sifat protein (tingkat ekspresi,  interaksi, modifikasi setelah translasi dan lainnya) dalam skala besar untuk memperoleh pandangan jelas dan terintegrasi sebagai contoh untuk mengetahui proses yang menyebabkan penyakit, meneliti proses-proses dalam sel, networking pada skala protein.
^_^  Nah ternyata biologi dan informasi mempunyai hubungan yang terkait satu dengan yang lain, salah satunya ditandainya dengan kemampuan manusia dalam melakukan analisis DNA organisme, sekuensing DNA dan manipulasi DNA. Dan ini dapat diterapkan dalam kegiatan budidaya. ..
sumber:  http://teknologihasilperikanan-unsri.blogspot.com
                                      http://akuakultur.wordpress.com/2006

.

Sabtu, 12 November 2011

PENGENALAN NATIONAL CENTRE FOR BIOTECHNOLOGY INFORMATION (NCBI)


NCBI (National Centre for Biotechnology Information) merupakan suatu institusi yang menyediakan sumber informasi terkait mengenai  perkembangan biologi molekuler. NCBI membuat database yang dapat diakses oleh publik dan mengembangkan software penganalisis data genom serta menyebarkan informasi biomedical yang kesemuanya diharapkan mengarah pada pemahaman yang lebih baik tentang proses-proses molekuler yang mempengaruhi manusia dan kesehatannya,serta menyangkut databes nukleotida merupakan suatu koleksi sekuen dari beberapa sumber termasuk diantaranya Gen Bank, Reference Sequence (Refseq), dan Protein Data Bank (PDB)
NCBI dapat di akses melalui : www.ncbi.nlm.nih.gov, dan ada beberapa menu yang disediakan oleh NCBI yang populer antara lain BLAST, Pubmed, Pubmed central, Gene, Genome, Nucleotide, Protein dan SNP.
Salah satu tools yang tersedia dalam situs NCBI ini adalah BLAST. BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) adalah suatu program untuk pencarian kemiripan sekuen (sequence similarity) dan merupakan alat dalam identifikasi gen serta karakter genetik. Blast dapat melakukan pencarian sekuen melalui perbandingan dengan database DNA dalam waktu singkat (kurang dari 15 detik).
Ada 5 program utama dalam BLAST, yaitu :
a. nucleotide blast (blastn) : membandingkan suatu sekuen nukleotida meragukan (query sequence) yang kita miliki dengan database sekuen nukleotida.
b. protein blast (blastp) : membandingkan suatu sekuen asam amino yang kita miliki dengan database sekuen protein.
c. blastx : membandingkan produk translasi konsep 6frame sebuah sekuen nukleotida (translated nucleotide) yang kita miliki dengan database sekuen protein.
d. tblastn : membandingkan suatu sekuen protein yang kita miliki dengan database sekuen nukleotida yang secara dinamis ditranslasi pada semua pembacaan 6 frame,dan
e. tblastx : membandingkan suatu translasi 6 frame dari nukleotida.

Minggu, 06 November 2011

kesehatan

kesehatan perlu dijaga,karena sehat mahal...
terlebih cuaca sekarang ini...jadi lebih" jaga kesehatan.....lebih baik mencegahkan dibanding mengobati...