Bioinformatic of Aquaculture

Bioinformatic of Aquaculture

Bioinformatika..........Mmmmmm apa sih sebenarnya bioinformatika itu??

Sekarang mari kita baca penjelasan dibawah ini ^^

Bioinformatika jelas dari namanya merupakan gabungan dua kata yaitu bio (biologi) dan informatika, jadi dengan kata lain bioinformatika merupakan ilmu terapan yang lahir dari perkembangan teknologi informasi di bidang molekuler. Pembahasan dibidang bioinformatika ini tidak terlepas dari perkembangan biologi molekular modern, salah satunya peningkatan pemahaman manusia dalam bidang genomic yang terdapat dalam molekul DNA.

Oiya teman ada yang perlu kalian tau nih.......Ternyata Bioinformatika ini juga dapat diterapkan dalam bidang aquaculture.

Nah setelah kita tahu kalau bioinformatika itu dapat diterapkan pada bidang Aquacultur, sekarang waktunya untuk cari tahu...ting..ting..ting ^^ apa sih kegiatan dalam bidang Aquacultur itu??

Hmmmmmm pengen tau kan??

Ada nih penjelasannya di simak ya...... Menurut situs Wikipedia Budidaya perairan (Aquacultur) merupakan bentuk pemeliharaan dan penangkaran berbagai macam hewan atau tumbuhan perairan yang menggunakan air sebagai komponen pokoknya. Kegiatan-kegiatan yang umum termasuk di dalamnya adalah budidaya ikan, budidaya udang, budidaya tiram, serat budidaya rumput laut (alga). Dengan batasan di atas, sebenarnya cakupan budidaya perairan sangat luas namun penguasaan teknologi membatasi komoditi tertentu yang dapat diterapkan.Jadi Budidaya perairan adalah bentuk perikanan budidaya, untuk dipertentangkan dengan perikanan tangkap.

Oiya teman–teman sekarang ini di Indonesia budidaya perairan dilakukan melalui berbagai sarana. Kegiatan budidaya yang paling umum dilakukan di kolam/empang, tambak, tangki, karamba, serta karamba apung.

Setelah kita tahu pengertian dari apa itu Bioinformatika dan Aquacultur itu, sekarang saya akan mengajak teman-teman untuk membaca ringkasan dari jurnal yang saya ambil, dan judul jurnalnya........

KLONING cDNA HORMON PERTUMBUHANDARI IKAN GURAME (Osphronemus gouramy)

            Penelitian mengenai kloning cDNA dan pengkodean hormon pertumbuhan ikan gurame telah dilakukan. Sebenarnya tujuan dari penelitian ini adalah untuk memperoleh sekuens DNA komplemen hormon pertumbuhan sebagai langkah awal dalam rangka pengembangan teknologi rekayasa genetika ikan gurame.

Ikan gurame(Osphronemus gouramy) merupakan salah satu jenis ikan air tawar yang memiliki harga jual tinggi dan pengembangan usaha budidayanya telah menjadi fokus revitalisasi perikanan budidaya 2006 – 2009. Namun demikian, pertumbuhan yang relatif lambat merupakan salah satu masalah utama pengembangan budidaya ikan gurame, yang diduga sebagai konsekuensi langsung dari laju pertumbuhan somatik yang rendah. Tujuan dari penelitian ini adalah memperoleh sekuens DNA yang komplemen hormon pertumbuhan sebagai langkah awal dalam rangka pengembangan teknologi rekayasa genetika ikan gurame, dan untuk mengetahui pola distribusi dan otogeni ekspresi gen GH ikan gurame.

Berdasarkan hasil analisis BLAST, sekuens hasil kloning adalah sangat mirip dengan gen GH dari beberapa jenis ikan,khususnya kelompok ikan anabantid. Dengan demikian diduga bahwa sekuens hasil kloning tersebut merupakan gen GH ikan gurame, dimana panjang sekuens GH ikan gurame hasil kloning adalah 843bp yang menyandikan 204 asam amino residu.

Kesimpulan:

1. Sekuens GH ikan gurame mengandung elemen-elemen yang konserf untuk gen GH.
2. cDNA hormon pertumbuhan ikan gurame dari hasil kloning mempunyai ukuran 843bp yang menyandikan 204 asam residu.

Teman untuk selengkapnya dapat dilihat di sini http://isjd.pdii.lipi.go.id/admin/jurnal/3208183190.pdf

 

referensi:
 http://dpamudji.wordpress.com/2011/04/23/bioinformatika/

http://id.wikipedia.org/wiki/Budidaya_perairan

SIG dan SISTEM PENGINDRAAN JAUH

SIG dan SISTEM PENGINDRAAN  JAUH

Adakah yang mengetahui mengenai SIG dan Inderaja. . . .??? Hmmmm....

Apa itu SIG?? dan apa pula Inderaja itu???

Mari kita cari tau. . . . . . . . .

Sistem Informasi Geografis (SIG) merupakan sistem untuk pengelolaan, penyimpanan, pemrosesan (manipulasi), analisis dan penayangan data secara spasial terkait dengan muka bumi, sedangkan Sintem Penginderaan jauh atau bisa disebut Inderaja sendiri merupakan pengamatan suatu objek dengan menggunakan satelit.

Berikut hasil resume dari juranal

 PEMANFAATAN PENGINDERAAN JAUH UNTUK PENENTUAN KESESUAIAN LOKASI BUDIDAYA LAUT

DI KEPULAUAN SERIBU

          Dewasa ini, produksi perikanan khususnya yang berasal dari hasil penangkapan hampir mencapai titik jenuh, sedangkan permintaan dan kebutuhan ikan baik di dalam negeri maupun permintaan dari pasar dunia cenderung meningkat. Untuk dapat mencapai target produksi perikanan, maka perikanan budidaya merupakan andalan bagi peningkatan produksi perikanan di masa yang akan datang. Indonesia sebagai salah satu negara kepulauan terbesar di dunia memiliki potensi perikanan budidaya yang tinggi. Dalam pemanfaatan wilayah pesisir dan lautan yang begitu luas, sangat dibutuhkan informasi potensi pesisir dan lautan yang terpadu. Informansi potensi pesisir yang berhubungan dengan pengembangan budidaya laut seperti informasi lokasi yang idel untuk melakukan kegiatan budidaya yang dapat berkembang secara berkelanjutan.

Sistem informasi terpadu yang tepat untuk dapat mengolah, menyimpan data secara cepat dan mudah didapat dari berbagai sektor adalah Sistem Informasi Geografis (SIG). SIG ini dapat dipadukan dengan Teknologi Penginderaan Jauh ( Inderaja) yang memiliki kelebihan dalam memberikan data spasial multi temporal, cakupan yang luas dan mampu menjangkau daerah yang terpencil.

Pada penelitian ini dilakukan identifikasi daerah potensi budidaya kerapu dengan daerah studi perairan Kepulauan Seribu, DKI Jakarta. Kepulauan Seribu merupakan salah satu wilayah yang memiliki potensi perikanan yang tinggi dengan karakteristik wilayah perairan berupa gugusan pulau-pulau kecil yang dikelilingi terumbu karang. Data primer yang digunakan dalam penelitian ini adalah data satelit Landsat 7/ETM, data satelit MODIS dan NOAA wilayah Kabupaten Administrasi Kepulauan Seribu. Data yang didapat berupa data sekunder berupa peta rupa bumi, peta laut, peta arus, data pasang surut, gelombang, iklim dan data sosial ekonomi masyarakat Kepulauan Seribu.

Hasil yang di peroleh berupa informasi kedalaman, suhu permukaan laut, muatatan padatan tersuspensi,dan keterlindungan lokasi Perairan Kepulauan Seribu serta informasi kesesuaian fisik perairan untuk budidaya kerapu dengan menggunakan KJA.

KESIMPULAN;

1. Pemanfaatan data penginderaan jauh dan SIG dapat memberikan rekomendasi awal dalam penentuan lokasi yang ideal untuk pengembangan budidaya laut.

2. Daerah kesesuaian yang diperoleh merupakan kesesuaian fisik perairan. Untuk mendapatkan daerah potensi yang direkomendasikan, masih perlu dianalisis lebih lanjut dengan memasukkan aspek aksesibilitas, infrastuktur, kebijakan wilayah dan aspek konservasi.

3. Analisis parameter biofisik perairan yang dinamis dapat dijadikan informasi tambahan dalam pelaksanaan budidaya. Berdasarkan hasil analisa, waktu yang perlu diperhatikan adalah saat musim barat dan musim peralihan.

Selengkap dapat di lihat di sini oc.its.ac.id/ambilfile.php?idp=447

BIOINFORMATIKA DI DUNIA BUDIDAYA

Sekarang ini, di jaman yang makin maju ini,dan kemampuan untuk menghasilkan sesuatu karya dapat di kresikan secara luas, serta banyaknya informasi yang sekarang ini lebih mudah dalam pencariannya.Dengan  adanya teknologi hubungan komunikasi menjadi lebih muda serta pencarian informasi juga semakin mudah.

BIONFORMATIKA

Apa yang kalian ketahui mengenai bioinformatika???
Apa itu Bio??? Apa itu bioinformatika???

Sekarang mari cari tahu........^^

Bio atau biologi adalah ilmu yang mempelajari aspek fisik kehidupan,dimana dalam bahasa yunani bios artinya hidup. Obyek kajian biologi pada masa kini sangat luas dan mencakup semua makhluk hidup dalam berbagai aspek kehidupannya. Saat ini bahkan berkembang aspek biologi yang mengkaji kemungkinan berevolusinya makhluk hidup pada masa yang akan datang, juga kemungkinan adanya makhluk hidup di planet-planet selain bumi, yaitu astrobiologi. Sementara itu, perkembangan teknologi memungkinkan pengkajian pada tingkat molekul penyusun organisme melalui biologi molekular serta biokimia, yang banyak didukung oleh perkembangan teknik komputasi melalui bidang bioinformatika.

Nah ternyata biologi mempunyai kaitan dengan bioinformatika, sekarna kita cari tahu apa sih Bioinformatika itu??????

Bioinformatika (bahasa inggris: bioinformatics) adalah ilmu yang mempelajari penerapan teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisis informasi biologis. Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologis, terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan asam amino serta informasi yang berkaitan dengannya. Contoh topik utama bidang ini meliputi basis data untuk mengelola informasi biologis, penyejajaran sekuens (sequence alignment), prediksi struktur untuk meramalkan bentuk struktur protein maupun struktur sekunder RNA, analisis filogenetik, dan analisis ekspresi gen.

Bioinformatika merupakan ilmu terapan yang lahir dari perkembangan teknologi informasi dibidang molekular. Pembahasan dibidang bioinformatik ini tidak terlepas dari perkembangan biologi molekular modern, salah satunya peningkatan pemahaman manusia dalam bidang genomic yang terdapat dalam molekul DNA. Perkembangan teknologi DNA rekombinan memainkan peranan penting dalam lahirnya bioinformatika. Teknologi DNA rekombinan memunculkan suatu pengetahuan baru dalam rekayasa genetika organisme yang dikenala bioteknologi. Perkembangan bioteknologi dari bioteknologi tradisional ke bioteknologi modren salah satunya ditandainya dengan kemampuan manusia dalam melakukan analisis DNA organisme, sekuensing DNA dan manipulasi DNA.

^_^ Sekarang apa hubungan Bioinformatika dengan kegiatan budidaya??

Adakah yang tau.........???

Dengan perkembangan teknologi di setiap bidang (termasuk akuakultur), peluang penelitian dengan menggunakan teknik-teknik terbaru pun muncul dan hal ini membangkitkan pula industri  bioteknologi dewasa ini.
Beberapa “platform” bioteknologi yang telah diaplikasikan pada bidang akuakultur akan dijelaskan dibawah ini.
A. Teknologi ekspresi protein
Produksi protein rekombinan sedang hangat dalam bidang bioteknologi. Ada berbagai metoda yang dapat dipilih sebagai sistem ekspresi antara lain pendekatan bakterial, yeast (ragi),  sel insekta maupun transgenik. Banyak produk sebagai contoh hormon, gonadotropin dan enzym telah digunakan dalam akuakultur.
B. Mikrosatelit, RFLP, Analisis QTL
Teknologi “sidik jari” DNA dan pemetaan DNA semakin mempermudah perkembangan ilmu dalam akuakultur.  Teknologi tersebut digunakan untuk identifikasi stok, seleksi dalam kegiatan breeding, dan mengidentifikasi gen yang penting dalam akuakultur seperti pertumbuhan dan resistensi terhadap penyakit.
C. Vaksin DNA
Kegiatan ini melibatkan pengunaan DNA untuk mengekspresikan antigen dalam inang sebagai bagian dari proses vaksinasi. Teknologi ini telah diterapkan dalam skala penelitian pada rainbow trout dan hasilnya sangat bagus. Ketika di uji tantang dengan virus IHNV, hampir 100% ikan dengan  perlakuan teknologi ini selamat dan perlakuan kontrol 85-90% mengalami kematian.
D. Chip DNA
Teknologi baru ini mampu menganalisa ekspresi ribuan gen dalam satu microchip.  Teknologi ini berkembang pesat dan telah diaplikasikan untuk ekspresi gen, pemetaan, penemuan gen, diagnosa genetik. Dalam akuakultur sudah ada beberapa grup riset yang menggunakan teknologi ini untuk meneliti ekspresi gen pada ikan.
E. Proteomics
Proteomics adalah bidang baru dalam biology  modern. Proteomic adalah ilmu yang mempelajari sifat protein (tingkat ekspresi,  interaksi, modifikasi setelah translasi dan lainnya) dalam skala besar untuk memperoleh pandangan jelas dan terintegrasi sebagai contoh untuk mengetahui proses yang menyebabkan penyakit, meneliti proses-proses dalam sel, networking pada skala protein.

^_^  Nah ternyata biologi dan informasi mempunyai hubungan yang terkait satu dengan yang lain, salah satunya ditandainya dengan kemampuan manusia dalam melakukan analisis DNA organisme, sekuensing DNA dan manipulasi DNA. Dan ini dapat diterapkan dalam kegiatan budidaya. ..

sumber:  http://teknologihasilperikanan-unsri.blogspot.com
                                      http://akuakultur.wordpress.com/2006

.